静脉吸毒者 SEN 病毒的基因分型和测序

一、静脉吸毒者SEN病毒基因型检测和序列测定（论文文献综述）

邓雪媚^[1]（2019）在《云南省临沧市抗病毒失败的HIV/AIDS患者基因型耐药突变研究》文中研究指明【目的】了解云南省临沧地区抗病毒治疗失败的艾滋病病毒（HIV）感染者/艾滋病（AIDS）患者（简称HIV/AIDS患者）的主要基因突变位点,耐药总体情况和耐药变化趋势,分析该地主要的耐药相关因素,指出HIV-1耐药防治的重点地区和人群,为指导当地临床抗病毒方案的实施提供一定的依据。【方法】采用In-House方法,对20112018年临沧地区抗病毒失败的1254例HIV感染者/AIDS患者血浆样本进行pol基因区扩增并测序。目标序列测定后经ContigExpress、BioEdit和HIV BLAST软件拼接整理后,提交到HIV耐药数据库（hivdb.stanford.edu）在线分析,确定HIV-1毒株亚型、耐药突变位点和各类药物的耐药水平后进行统计分析。【结果】1、20112018年临沧地区抗病毒失败HIV/AIDS患者样本共成功扩增950份,各年分别纳入检测样本45,66,77,89,112,157,198,206份,其中检出耐药结果的比率分别为24.4%,50.0%,48.1%,44.9%,65.2%,54.1%,57.1%,55.8%,八年总体耐药率为53.4%（507/950）。2、主要以3050岁的青壮年为主,占64.8%（616/950）;男性占57.3%（544/950）;民族以汉族为主,占63.6%（604/950）;主要感染途径为性传播占77.3%（734/950）;抗病毒治疗方案以一线方案为主,占83.7%（795/950）,主要方案为齐多夫定（AZT）+拉米夫定（3TC）+奈韦拉平（NVP）/依非韦伦（EFV）,占51.4%;抗病毒治疗时间多为630个月,占43.5%（413/950）。3、耐药率随年龄的增高有上升趋势（?2=28.452,P<0.001）;性传播感染途径是发生耐药的危险因素（OR:0.64;95%CI:0.45-0.92）;耐药率最高的方案是“AZT+3TC+NVP”为61.3%（152/248）;抗病毒治疗时间达42个月时耐药率最高为62.1%（87/140）;耐药率随病毒载量的增高有下降趋势（?2=29.457,P<0.001）,性别、民族和基因亚型等因素在耐药与非耐药间的差异无统计学意义（P>0.05）。4、各年度间HIV-1主要耐药药物类似,核苷类主要有3TC,恩曲他滨（FTC）和阿巴卡韦（ABC）,非核苷类药物以EFV和NVP为主。非核苷类反转录酶抑制剂（NNRTIs）的耐药率为49.9%（474/950）,核苷类反转录酶抑制剂（NRTIs）耐药率为32.0%（304/950）,蛋白酶抑制剂（PIs）的耐药率较低为2.4%（23/950）。耐药总体趋势主要受NNRTIs耐药情况的影响,对NNRTIs耐药的主要突变位点是K103N/S,占25.1%（238/950）;对NRTIs耐药的主要耐药突变位点是M184V,占29.3%（278/950）,且有逐年明显增高的趋势。HIV-1病毒基因亚型均以CRF08BC为主,总体趋势较平稳。【结论】云南省临沧市抗病毒失败的HIV/AIDS患者耐药性处于中度流行状态,近年来该地HIV-1耐药率有逐年上升趋势。耐药发生主要是接受一线ART药物治疗的患者;临翔区和耿马县是耐药高发县（区）;中老年患者是耐药好发人群。在药品资源有限的情况下,应有针对性的开展防艾宣传教育工作,积极监测ART病人的HIV-1耐药性,及时合理的调整用药方案,规范化进行抗病毒治疗及管理,防止耐药的发生和传播。

李天一^[2]（2019）在《云南红河州高危人群HIV及其共感染的HCV/HPgV-2病毒的分子流行病学研究》文中指出艾滋病1985年传入我国,近10年来,我国艾滋病的流行模式由血液和静脉吸毒传播为主转变为以性传播为主,经性传播的比例从2006年的33.1%增加到2017年的94.6%,其中异性性传播的比例为69.2%。在我国,估计有400-1000万女性性工作者（Female sex workers,FSWs）,1860岁成年男性约69%有嫖娼史,FSWs具有特殊的脆弱性,容易被边缘化,具有特别高的HIV（Human Immunodeficiency Virus）感染的负担,是HIV和其他性病从高危人群向一般人群传播的桥梁人群,FSWs及嫖客人群是应该受到特别重视的我国HIV流行的关键人群。HCV（Hepatitis C virus）主要经血液及经皮暴露传播,与HIV具有共同的传播途径和危险人群,共同感染十分普遍。HIV感染可增加HCV感染的风险,降低HCV的体内清除率,加快HCV感染的疾病进程,HCV感染也可加快HIV的疾病进展,HCV相关肝病也是HIV感染者主要的疾病和死亡原因。HPgV-2（Human pegivirus 2）是2015年由两个独立的研究小组报道的一种新的主要经血传播的人类病毒,属于黄病毒科的一个新属（Pegivirus）,目前,仅有几项研究证实其主要感染HCV阳性的人,对这个病毒与HIV和HCV感染的关系、致病性等目前尚无定论。云南省是我国艾滋病流行的起源地,红河州是云南省艾滋病疫情最为严重的地区。为了摸清红河州艾滋病流行的特点和规律,2008年5月至2014年6月,中国疾病预防控制中心汪宁教授课题组在云南红河州的开远、蒙自和河口针对暗娼和嫖客人群进行了艾滋病的流行病学研究,通过系列横断面研究和前瞻性队列研究,获得了FSW及嫖客人群的HIV新发感染率及其变化趋势、新发感染相关的危险因素、HIV阳性FSW二代传播的风险等一批重要的研究结果。本课题在此基础上,以历次调查确认的771名HIV阳性者为研究对象,利用采集并保存的血浆标本和调查信息,进行HIV的分子流行病学研究、与HIV共感染的HCV和HPgV-2的分子流行病学研究,目的是阐明当地高危人群中HIV及其共感染的HCV和HPgV-2的基因变异特征,从分子水平进一步揭示流行规律,明确病毒传播的关键环节,为HIV及其他两种病毒感染的防控提供依据。第一部分云南省红河州高危人群HIV感染的分子流行病学研究背景:HIV具有高度的变异性,HIV-1的M群广泛流行,可进一步分成A-D、F-H、J和K共9个亚型及88个流行重组型（Circulating Recombinant Forms,CRF）及无数的独特重组型（Unique Recombinant Forms,URF）。云南省是我国主要流行HIV-1毒株的传入地和重组毒株的起源地,流行毒株的分布有显着的地理、民族和传播途径的差异,对红河州以暗娼和嫖客为主的高危人群缺乏HIV-1基因亚型分布及长期变化的研究。方法:挑选HIV抗体确认阳性标本并整理背景信息,提取纯化血浆病毒RNA（Ribonucleic Acid）,一步法逆转录巢式PCR（Polymerase Chain Reaction）扩增HIV-1pol区约3100bp的片段并测序,进行下列研究:（1）病毒基因亚型:采用构建NJ（Neighbor-Joining）进化树和使用在线工具COMET和REGA的方法分型,两种工具分型结果一致且置信值为100%的为确定的分型结果,结合流行病学信息,分析基因亚型与人群特征的关系及随时间的变化。（2）病毒基因重组:用jpHMM软件进行病毒基因重组分析,将不同插入片段分别与标准参考株构建NJ进化树,判断重组片段的来源,分析不同高危人群的重组模式特征。（3）传播簇分析:对不同亚型的序列分组,剪切为相同长度,删除已知的耐药位点,构建ML（Maximum-likelihood）进化树,判断传播簇的标准是bootstrap大于990,基因距离小于0.015。分析成簇人员的特征以及成簇相关的因素。将HIV感染者的首次标本及其病毒基因序列分为20082010年、20082012年、2008年2014年3组,分别构建ML树并进行成簇分析,观察传播簇数目和规模随时间的变化。（4）耐药分析:将拼接编辑的pol区序列提交美国斯坦福大学的HIV耐药数据库（http://hivdb.stanford.edu）,通过序列比对确定耐药突变的位置、种类、耐药程度及药物敏感性的解释。（5）红河毒株与云南省流行毒株的关系:收集318例20082010年采样的云南各地HIV感染者的pol区基因序列,与本研究获得的序列一并构建进化树,对成簇的流行毒株构建MCC（Maximum clade credibility）进化树,分析红河州HIV-1毒株与云南省流行毒株的关系。结果:获得386例研究对象的HIV-1 pol区基因序列,除20082009年采样的标本扩增测序失败的比例显着高于其他时间采样的标本外,扩增测序成功与失败的人员在人口学特征方面均无显着性差异。获得的主要结果:（1）HIV-1基因亚型及其人群分布和时间变化:当地流行的HIV-1毒株比例由高到低依次为CRF08BC（62.95%）、CRF07BC（10.88%）、新型重组毒株URF（10.88%）、CRF01AE（8.03%）、C（6.99%）和B（0.26%）。各亚型HIV-1在各类人群的分布有显着差异,吸毒人群中CRF08BC的比例显着高于嫖客和暗娼人群;CRF01AE毒株几乎仅出现在不吸毒的嫖客和暗娼;HIV-1基因亚型的分布随时间呈现明显变化,CRF08BC的比例下降,在性传播人群中最为显着;暗娼人群中CRF07BC和CRF01AE的比例显着提高;嫖客人群中URF毒株的比例显着高于其他人群,是新型HIV-1毒株主要来源。（2）不同人群中新型重组毒株（URF）的基因重组模式有显着差异,B/C重组主要出现IDU（Intravenous Drug Users）人群,CRF01AE参与的重组主要出现在不吸毒的暗娼和嫖客人群,B/C重组的C亚型病毒骨架主要来源于CRF08BC或CRF07BC。（3）参与分析的386条序列形成32个传播簇,成簇率20.98%,簇的大小为28,含2条序列的簇占绝对优势（71.88%）,大部分簇内人员发生过商业性行为。年龄大（50岁以上）、单身、感染CRF07BC毒株等因素与成簇相关。虽然各亚型的成簇数均随时间而增加,但是簇内人员数和成簇率均未见增加,未见传播簇的扩张。（4）CRF07BC、C和CRF01AE均形成红河当地的流行簇,呈现奠基效应。结论:（1）CRF08BC是当地优势毒株,CRF01AE在不吸毒的嫖客和暗娼中的比例显着高于吸毒人群,当地正在发生优势毒株由CRF08BC向CRF07BC和CRF01AE的转变,与性传播超越静脉吸毒成为当地主要传播途径的转变是一致的。（2）IDU人群病毒的主要重组模式是B/C,多数源于CRF08BC或CRF07BC的二代重组。CRF01AE参与的重组主要出现在不吸毒的暗娼和嫖客,主要源于CRF01AE与CRF08BC或CRF07BC的二代重组。不吸毒的嫖客人群是新型重组毒株的孵化器,应密切监测。（3）HIV-1传播簇以含2条序列的小簇为主,形成传播簇的多为有IDU行为的人,推测IDU嫖客与IDU暗娼在从事性交易的同时,可能也常共用注射器吸毒。未见传播簇随时间的扩张,推测静脉吸毒的暗娼和嫖客多数以长期稳定的“对子”形式活动,很少有新成员加入。（4）主要流行毒株形成当地的流行簇,与云南其他地区交集不多,是艾滋病预防控制的有利条件。第二部分云南省红河州高危人群与HIV共感染的HCV分子流行病学研究背景:HCV的复制和突变速率均大于HIV-1,在RNA病毒中居首。目前将HCV分为7个基因型和83个亚型,1型和3型流行范围最广,4型和5型是低收入国家最常见的亚型。我国是HCV感染大国,已检出HCV 6个基因型的24个亚型。云南省是HCV的高流行地区,吸毒人群中HCV基因亚型复杂,各亚型毒株的分布有显着的地区差异。对红河州及以暗娼和嫖客为主且感染了HIV的人群,尚缺乏HCV基因亚型分布及其长期变化的研究。方法:挑选HIV抗体确认阳性标本并整理背景信息,进行下列研究:（1）用ELISA法检测HCV抗体,分析各类人群中HCV抗体阳性率的差异。（2）提取纯化血浆病毒RNA。（3）一步法逆转录巢式PCR扩增HCV CE2（1300bp）和NS5B（1000bp）区基因片段并测序。（4）分析HCV基因亚型:将CE2和NS5B区的序列质量控制后提交到COMET HCV比对网站,得出分型结果。再下载53条各基因型的参考序列,分别导入CE2和NS5B的fas文件,用MEGA 6构建NJ树,汇总两种方法的结果确定基因亚型。（5）HCV成簇分析:将序列构建ML进化树确定传播簇,传播簇的判断标准为bootstrap值大于99%、基因距离小于0.05。将研究对象的首次标本及其HCV基因序列分为20082010年、20082012年、20082014年3组,分别进行成簇分析,观察传播簇数目和规模随时间的变化,对主要流行毒株进行流行动力学分析。（6）HIV与HCV的共传播:对同时获得HIV和HCV序列的研究对象进行两种病毒传播簇的比较。结果:（1）检出HCV抗体阳性500例,仅静脉吸毒的人群（IDU）HCV抗体的阳性率是99.25%,有静脉吸毒行为的人群HCV抗体阳性率显着高于无静脉吸毒行为的人群（97.85%vs19.10%,P<0.05）。单纯嫖客人群和单纯暗娼人群HCV抗体的阳性率分别是36.89%和7.93%。（2）有357例HCV RNA扩增测序成功,其中CE2区334例、NS5B区293例,扩增测序成功率为71.2%,不同特征人群扩增测序的成功率无显着差异。依据CE2和/或NS5B区确定HCV基因亚型,构成比由高到低依次为3b（37.25%）、3a（26.05%）、6n（17.37%）、1b（10.36%）、6a（7.84%）和其他亚型（6k、6v和2a）。不同人群HCV基因亚型的分布有显着差异,暗娼人群6a多于1b,且未检出5个亚型（3b、3a、6n、1b、6a）以外的其他亚型。（3）HCV基因亚型的分布在20082011、20122014两个时间段呈明显变化,6n在各人群均呈下降趋势、6a在暗娼和嫖客人群显着上升、3a在吸毒人群中显着升高而在嫖客和暗娼人群中下降、3b在嫖客人群中显着升高,在其他人群中变化不大。（4）共确认30个传播簇,成簇率为16.81%,绝大多数（93.33%）为仅有2条序列的传播对。簇内人员为IDU嫖客与IDU暗娼的占75%、均为仅IDU人员的占25%、簇内人员同民族的居多（85.71%）、文化程度均偏低居多（66.67%）、含单身人士的居多（89.34%）,不同HCV基因亚型成簇率具有显着差异,由高到低依次是6a（37.04%）、3b（21.37%）、3a（17.02%）、6n（6.35%）、1b（5.41%）,不同类型高危人群的成簇率未见显着差异。（5）HCV传播簇的数目和成簇率随时间增加,但未见传播簇随时间而扩张,保持以2条序列的小簇为主。在同时获得HIV和HCV序列的研究对象中,有6对2种病毒均成簇,可能为共同传播。结论:（1）有静脉吸毒行为的人群HCV抗体阳性率最高。获得了性高危人群（暗娼和嫖客）HCV抗体阳性率的数据,明显高于目前所知异性传播HCV的水平,需要密切监测和研究。（2）HCV的基因亚型复杂,毒株的种类和分布正在发生变化,3b毒株在嫖客人群中的增加最为显着。（3）HCV的成簇率为16.81%,绝大多数为传播对,簇内人员的社会人口学特征多数相近,基本信息未知的人显示成簇率较高的趋势,提示调查依从性较差的人可能具有多重危险因素,感染和传播的危险较大。不同HCV基因亚型成簇率的差异,体现了不同毒株的流行和传播特征,成簇率较高的更多在共用注射器吸毒的人群中传播,成簇率低的可能主要通过偶发的针刺等事件传播。（4）未见传播簇随时间而扩张,提示当地共用注射器吸毒的人员长期保持稳定的关系,很少有新成员加入,HCV传播的增加主要是由于共用注射器吸毒的对子（2人）增加所导致的,预防控制的重点应该是减少新增吸毒人员。第三部分云南省红河州高危人群与HIV共感染的HPgV-2分子流行病学研究背景:HPgV-2是一个新的经皮传播的血源性传染性病毒,几乎所有确诊的HPgV-2病例都是与HCV双重感染,但在无HCV感染的人群中也有低流行率。在云南省的特殊高危人群中HPgV-2的流行状况如何?是否HPgV-2影响HIV和HCV感染的进程?都需要深入研究。由于这个病毒多数是与HIV和/或HCV共感染,对其致病性尚无定论。方法:挑选HIV抗体确认阳性标本并整理背景信息,进行下列研究:（1）检测HPgV-2抗体,采用自建的ELISA法检测HPgV-2抗体,分析不同特征人群抗体阳性率的差异。（2）提取纯化血浆病毒RNA。（3）获得HPgV-2基因片段并测序,采用逆转录巢式PCR扩增HPgV-2 NS3区长度为153bp的基因片段并测序,比较不同特征人群的HPgV-2 RNA阳性率。（4）高通量测序获得HPgV-2的全长基因组。（5）整理HPgV-2基因序列,质量控制后,进行系统进化分析,确定HPgV-2与其他Pegivirus属病毒的亲缘关系,比较全长序列各基因片段的基因离散率。（6）HIV和HCV载量的检测和比较:取全部HPgV-2 RNA阳性标本,挑选2倍数量HPgV-2 RNA阴性标本,两组标本HIV和HCV RNA均阳性,采样时间为同一年份、抗病毒治疗情况和传播途径相同。分别检测HIV和HCV载量。结果:（1）HIV-1感染者的HPgV-2抗体阳性率为25.29%,HIV抗体和HCV抗体均阳性者的HPgV-2抗体阳性率显着高于HIV抗体阳性而HCV抗体阴性者（27.69%vs 20.83%,p<0.05）。HPgV-2与HIV-1共感染率呈随时间升高的趋势。HIV-1感染者的HPgV-2核酸阳性率为5.32%,HIV-1与HCV同时阳性者的HPgV-2核酸阳性率高于仅仅HIV-1阳性者（6.37%vs 3.35%,p<0.05）。（2）单纯吸毒者、单纯暗娼嫖客人群和混合行为组,HPgV-2抗体和核酸的阳性率分别为38.57%和6.09%、21.75%和3.57%、19.55%和6.77%,单纯吸毒人群的阳性率显着高于暗娼和嫖客人群（p值均<0.01）。（3）HPgV-2核酸阳性组和阴性组的HCV载量平均值分别为1.11E+06cp/ml和7.19E+05cp/ml、HIV载量的平均值分别为5.36E+04cp/ml和2.14E+05cp/ml,均无显着性差异。（4）获得了7条HPgV-2的全基因组序列,红河的HPgV-2独自成簇,奠基者效应显着。鉴定出3个可能的传播簇,1个簇可能为HPgV-2与HIV和HCV的共传播。结论:（1）本研究特殊HIV感染的高危人群中,HPgV-2的流行率较高,可能与研究对象既有IDU等经皮经血暴露的行为,还有频繁的经性暴露行为有关。（2）HPgV-2感染最常发生于HCV阳性的人,常通过经皮经血途径传播,也可能存在经性传播。（3）未发现HPgV-2感染对HIV和HCV的复制有影响。（4）HPgV-2基因序列较为保守,红河的毒株在局部地区独立传播流行,与HIV和HCV的共感染比较罕见。静脉吸毒与性乱行为交织的高危人群是新病毒产生和传播的沃土,需要密切监测和深入研究。

戴俊斌^[3]（2019）在《湖南省吸毒患者感染丙型肝炎病毒基因型特征分析》文中认为目的:1.根据HCV基因NS5B区段设计引物,对湖南省吸毒人群HCV患者的HCV病毒基因进行分型。2.探讨湖南省吸毒人群中HCV基因型的分布特点,为对该人群中HCV阳性者进行精确治疗提供指导和帮助。方法:收集湖南省内14个市州18岁以上、未接受抗病毒治疗、既往HCV抗体阳性的吸毒患者的血浆样本,每市州样本15份,共210份。对收集到的血浆样本分别进行HCV抗体ELISA复检、荧光PCR法定量HCV-RNA检测和基因分型检测。结果:在210名调查对象中,ELISA法复检HCV抗体阳性标本202例,阳性率96.19%;荧光PCR法检出HCV-RNA病毒载量>15IU/m L标本181例,阳性率86.19%。HCV基因型分别为1型18例（9.94%）,2型51例（28.18%）,3型47例（25.97%）,其他型别65例（35.91%）。区域分布以非1型为主,2型和3型普遍分布。结论:湖南省吸毒患者HCV基因型比较复杂,区域分布以非1型为主,2型和3型普遍分布,需进一步研究。

李四乐^[4]（2019）在《2017年陇川县新报告HIV-1阳性人群HIV基因亚型分布及耐药性研究》文中提出[目的]了解云南省德宏州陇川县2017年新报告人类免疫缺陷病毒Ⅰ型（Human Immunodeficiency Virus 1 Type,HIV-1）阳性人群HIV基因亚型分布,明确该地区HIV-1毒株的分子流行特征;了解2017年陇川县新报告HIV-1阳性人群基因亚型流行重组与变异情况,分析病毒的跨境传播、病毒的变化;了解2017年陇川县新报告HIV-1未接受抗病毒治疗人群原发耐药的流行状况,探索HIV-1流行亚型与耐药发生和流行的关系,为今后该地HIV的跨境传播防控和抗病毒治疗方案的制定提供科学依据。[方法]本次研究采用横断面调查方法,对2017年陇川县新报告HIV-1阳性人群特征进行流行病学分析。通过采集血样,分离血浆后提取核酸,使用RT-PCR和Nested-PCR扩增HIV-1 5’ LRT-pol基因序列片段,扩增产物送至擎科公司测序,测序结果使用Lasergene软件包中的SeqMan应用程序对序列进行拼接和处理;从美国Los Alamos实验室HIV核酸数据库下载亚型参考序列与扩增获得的序列合并后,使用在线工具进行比对,运用MEGA软件采用最大似然比法构建进化树;对可能发生重组的毒株基因序列用SimPlot软件进行重组分析;将5’LRT-pol基因序列上传到美国斯坦福大学耐药数据库进行耐药分析,用SPSS软件对2017年陇川县新报告HIV-1阳性人群流行病学特征和分子流行病学资料进行分析。[结果]1.2017年陇川县新报告HIV-1阳性者共156人。人口学分析结果显示:男性116人,女性40人,男女比2.9:1.0;平均年龄33.3±11.1岁,年龄主要集中在20-30岁组（41.03%）;以景颇族（39.10%）、已婚者（52.56%）、文盲（63.46%）、异性性传播（67.31%）途径为主;确诊后首次CD4细胞计数平均值为392.4±255.5/mm3。其中中国籍53（33.97%）人,缅甸籍103（66.03%）人。中国籍和缅甸籍HIV-1阳性者均以男性、农民为主,中国籍HIV-1阳性者的平均年龄为39.6±13.4岁,以德昂族（47.17%）、已婚者（69.81%）、小学文化（43.40%）、异性性传播（90.57%）途径为主;缅甸籍HIV-1阳性者平均年龄为30.1±8.1岁,以景颇族（42.72%0）、未婚者（49.51%）、文盲（86.41%）、异性性传播（55.34%）途径为主。2.本研究获得有效5’LRT-pol基因序列110条。系统进化和重组分析显示:陇川县流行超过10种HIV-1基因亚型,包括2种亚型,10种CRFs和3种不同类型的URFs。其中以URF居首位,占52.73%0,其他亚型依次为CRF01AE（16.36%0）、B亚型（7.27%）、C亚型（6.36%）、CRF62BC（3.64%）、CRF08BC（3.64%）、CRF57BC（3.64%）、CRF87cpx（1.82%）、CRF07BC（0.91%0）、CRF5501B（0.91%）、CRF64BC（0.91%）、CRF65cpx（0.91%）、CRF96cpx（0.91%）。3.在110个序列中,中国籍扩增及测序成功35个样本,其中URFs同样居于首位,占28.57%,其次为CRF01AE（20.00%）。缅甸籍扩增及测序成功75个样本,也以URFs为首位,占64.00%,其次为CRF01AE（14.67%）。4.陇川县HIV-1基因亚型相关人口学特征进行Logistic多因素分析结果表明,女性感染CRF01AE的风险是男性的5.27倍（P<0.05）,已婚者感染CRF01AE的风险是未婚者的0.17倍（P<0.05）。缅籍HIV-1阳性者感染URF的风险是中国籍HIV-1阳性者的3.03倍（P<0.05）,异性性传播途径感染URF的风险是注射吸毒传播途径的0.28倍（P<0.05）5.110份序列耐药分析结果显示:有10条序列检出对NRTIs、PIs、NNRTIs三类抗病毒药物不同程度的耐药,耐药发生率为9.09%。缅甸籍耐药发生率为10.67%,中国籍耐药发生率为5.71%。在10个HIV/AIDS病例中有3个病例出现高度耐药,1例中度耐药,其余病例则表现为低度耐药。6.本研究在5种HIV-1 基因型（URF、CRF08BC、CRF57BC、CRF01-AE、C）中发现耐药毒株,且产生高度耐药的3个样本基因型为URF,均为缅甸籍病例。HIV-1基因型耐药检出率依次为CRF08BC为25.00%（1/4）、CRF57BC为25.00%（1/4）、C亚型为 14.29%（1/7）、URF为 10.34%（6/58）。[结论]2017年陇川县新报告HIV-1阳性者以缅甸籍、异性性传播途径感染为主。陇川县HIV-1基因亚型复杂多样,本次在陇川县共流行超过10种HIV-1基因亚型,包括2种亚型,10种CRFs和3种不同类型的URFs,其中以URF居首位,其次为CRF01-AE。HIV-1基因亚型相关人口学特征多因素分析结果表明,缅甸籍、注射吸毒途径感染HIV-1阳性者感染URF的风险显着高于其他人群。应加强注射吸毒和缅籍人群HIV-1基因亚型动态监测。陇川县HIV-1基因亚型以未知独特重组型为主,本研究对陇川县110条序列系统进化和重组分析显示:有58条序列不与已知亚型聚在一起或有相同的重组结果,在58条序列中有35条序列有两条及以上或与已知BC重组有相同的重组结构,为潜在的新CRFs,需后续扩增全基因验证。陇川县属于HIV-1原发耐药的中度流行区,该地区出现对NRTIs、PIs和NNRTIs三类抗病毒药物不同程度的耐药,以低度耐药为主,但在耐药病例中存在高度和中度耐药病例,且均为缅甸籍病例。因此,应加强监测和掌握该地耐药情况,特别是针对缅甸籍人群。不同亚型耐药突变发生不同,本研究发现,5种HIV-1基因型（URF、CRF08BC、CRF57BC、CRF01AE、C）中有耐药毒株产生,HIV-1基因型耐药检出率依次为CRF08BC、CRF57BC、C、URF。

韦焘^[5]（2018）在《云南边境地区HIV-1亚型与原发性耐药基因突变分析》文中指出目的检测HIV-1亚型和原发性耐药,有助于了解HIV疫情及其动态变化、HIV感染者/艾滋病患者治疗、HIV疫情控制,具有重要的公共卫生与临床意义。云南边境地区关于HIV-1亚型、原发性耐药的研究报道较为零散,尚待进一步完善。因此,全面了解云南边境地区HIV-1亚型和原发性耐药具有重要意义。本研究调查云南省与缅甸、老挝、越南交界的德宏傣族景颇族自治州（德宏州）、西双版纳傣族自治州（版纳州）和红河哈尼族彝族自治州（红河州）新确诊的HIV感染者的HIV-1亚型、原发性耐药基因突变位点的种类和分布,并对中国籍和外籍感染者的数据进行对比分析,为云南边境地区艾滋病预防和治疗提供依据。方法在云南边境地区的德宏州、版纳州和红河州,通过筛查、过境检测、医院实验室检测等手段,在2015年11月1日至2016年10月31日期间,连续纳入150名缅甸、老挝或越南籍进入云南的新确诊HIV感染者;以县/市为单位在同一地点、同一时段纳入150名中国籍新确诊HIV感染者。所有研究对象在知情同意的情况下由经过统一培训的当地疾病预防控制中心专业人员采集血样,并进行面对面问卷调查,内容包括人口学信息和与HIV感染相关的其它信息。对血样通过HIV-1 RNA提取、RT-PCR、巢式PCR扩增env和pol部分基因区、PCR扩增产物电泳鉴定和测序、序列分析等程序进行HIV-1亚型和原发性耐药基因突变检测,以斯坦福大学HIV耐药数据库中监测相关耐药基因突变位点清单（2014年）判断耐药基因突变位点,利用基于斯坦福大学HIV耐药数据库的APP检测耐药种类及耐药水平。采用χ2检验探讨原发性耐药是否与HIV-1亚型存在关联,探讨感染者HIV-1亚型、原发性耐药与人口学特征、感染者发现方式、传播途径、多性伴和全程使用安全套是否存在关联,探讨多性伴、全程使用安全套与国籍、传播途径是否存在关联。采用Logistic回归模型分析感染者人口学特征、感染者发现方式、传播途径、多性伴、全程使用安全套是否与HIV-1亚型、原发性耐药有关联,以P<0.05作为评判是否有统计学意义的标准。结果1.云南边境地区新报告HIV感染者多性伴及安全套的使用情况1.1新报告的300名HIV感染者中,256人回答了确诊HIV感染前6个月内性伴数量,结果有23.8%（61/256）的人有多性伴。其中,中国籍多性伴比例为18.9%（25/132）,外籍多性伴比例为29.0%（36/124）,两者差异无统计学意义（χ2=3.588,P=0.058）。1.2新报告的300名HIV感染者中,208人回答了确诊HIV感染前6个月内安全套的使用情况,结果显示有25.5%（53/208）的人全程使用安全套。其中,中国籍安全套全程使用率为36.2%（38/105）,外籍安全套全程使用率为14.6%（15/103）,两者差异有统计学意义（χ2=12.808,P=0.000）。2.云南边境地区HIV-1基因型2.1 云南边境地区 HIV-1 基因型以 CRF01AE（30.0%,68/227）、URFs（26.9%,61/227）、CRF08BC（21.6%,49/227）为主,其它基因型包括 C 亚型（10.1%,23/227）、CRF07BC（6.2%,14/227）、B 亚型（3.1%,7/227）、CRF5501B（1.3%,3/227）、A亚型（0.4%,1/227）和 CRF64BC（0.4%,1/227）。URFs 包括 B/C（15.0%,34/227）、CRF01AE/C（4.8%,11/227）、CRF01AE/B/C（4.4%,10/227）和 CRF01AE/B（2.6%,6/227）。2.2中国籍和外籍HIV-1基因型种类和分布不同。中国籍感染者检测到了 9种 HIV-1 基因型,其中 CRF08BC（32.1%,34/106）、CRF01AE（22.6%,24/106）和URFs（20.8%,22/106）位居前三。外籍感染者检测到了 6种HIV-1基因型,其中 CRF01AE（36.4%,44/121）、URFs（32.2%,39/121）和 C 亚型（14.0%,17/121）排前三位。中国籍和外籍HIV-1基因型分布差异有统计学意义（χ2=31.526,P=0.000）。2.3德宏州边境地区HIV-1基因型种类复杂,URFs是首位的基因型,占39.5%（58/147）,版纳州CRF08BC（55.2%,16/29）是首位的基因型,红河州CRF01AE（60.8%,31/51）是首位的基因型。德宏州与版纳州（χ2=45.396,P=0.000）、德宏州与红河州（χ2=57.505,P=0.000）之间的 HIV-1亚型分布差异有统计学意义。版纳州与红河州之间的HIV-1亚型分布差异无统计学意义（χ2=8.481,P=0.050）。2.4德宏州的中国籍异性性传播感染者以URFs（28.3%,13/46）和CRF07BC（19.6%,9/46）为主,缅甸籍异性性传播感染者以URFs（31.4%,16/51）和CRF01AE（31.4%,16/51）为主,其分布差异有统计学意义（χ2=18.490,P=0.005）。2.5与其它基因型（包括B亚型、C亚型、CRF07BC、CRF5501B、CRF64BC、A亚型）相比,中国籍感染者比外籍感染者携带CRF01AE的可能性小（中国籍:OR=0.392,95%CI:0.167～0.920）,工人感染者比其它工种的感染者携带CRF08BC的可能性小（工人:OR=0.073,95%CI:0.006～0.831）,异性性接触传播感染者比静脉吸毒传播感染者携带URFs的可能性小（异性性接触传播:OR=2.653,95%CI:1.016～6.927）。3.云南边境地区HIV原发性耐药3.1云南边境地区HIV原发性耐药率为9.5%（17/179）。其中,中国籍感染者的原发性耐药率为13.6%（11/81）,外籍感染者的原发性耐药率为6.1%（6/98）,两个人群的原发性耐药率均处于中等水平（5.0%～15.0%）,其差异无统计学意义（χ2=2.870,P=0.090）。3.2德宏州、版纳州和红河州的HIV原发性耐药流行率分别为8.8%（10/114）、7.4%（2/27）和 13.2%（5/38）,均居中等水平（5.0%～15.0%）,其差异无统计学意义（χ2=0.866,P=0.751）。3.3德宏州边境地区中国籍感染者携带耐药株的比例（15.9%,7/44）高于缅甸籍感染者（4.3%,3/70）（χ2=4.561,P=0.044）。3.4原发性耐药基因突变位点涵盖三类抗病毒药物。NNRTIs的耐药基因突变位点为:K103N、Y181C、K101E、G190A、V106M 和 P225H。其中,K103N和V106M对EFV、NVP高度耐药,Y181C和G190A对NVP高度耐药,P225H对EFV、NVP中度耐药,G190A对EFV中度耐药。NRTIs耐药的基因突变位点为:M184V、K65R、T215S、V75M、L74I 和 K219Q。其中,M184V对FTC和3TC高度耐药,K65R对TDF高度耐药,但对ABC、FTC、3TC中度耐药。PIs的耐药基因突变位点为:L24I、L76V、L90M和M46I,未见对ATV/r、DRV/r、LPV/r高度耐药的突变位点。3.5中国籍感染者携带的耐药突变位点种类比外籍感染者多,共有11个。其中,耐 NNRTIs 突变位点有 K103N、P225H、V106M 以及 K101E,耐 NRTIs突变位点有 M184V、L74I、K65R 以及 K219Q,耐 PIs 的有 L24I、L76V、L90M三个位点。外籍感染者携带的耐药突变位点有6种,耐NNRTIs突变位点有 K103N、Y181C 以及 G190A,耐 NRTIs 突变位点有 T215S 和 V75M,耐 PIs的有M461。两个人群共同携带的耐药位点是K103N（耐NNRTIs）,对EFV、NVP均高度耐药,其余的都不一样。3.6各亚型中的耐药比例由高到低分别为CRF5501B 33.3%（1/3）、CRF07BC 20.0%（1/5）、CRF01AE/B 20.0%（1/5）、CRF01AE 16.7%（9/54）、B/C 8.8%（3/34）和 CRF08BC 7.7%（2/26）。其中,中国籍耐药基因型占比由大到小分别是 CRF01AE/B 50.0%（1/2）、CRF550IB 33.3%（1/3）、CRF07BC 25.0%（1/4）、CRF01AE 21.1%（4/19）、B/C 12.5%（2/16）和CRF08BC 9.1%（2/22）。外籍耐药基因型占比由大到小分别是CRF0 1AE 14.3%（5/35）和 B/C 5.6%（1/18）。3.7在得知自己感染HIV前的6个月里,17例原发性耐药个体中3人（17.6%）有多性伴,其中2人为中国籍,1人为外籍;8人（47.1%）有不使用安全套的性行为,其中中国籍和外籍各占一半;5名（29.4%）携带高度耐药基因位点的感染者有不使用安全套的性行为,其中中国籍为2人,外籍为3人。3.8检出原发性多重耐药基因突变位点。1名中国籍HIV感染者测出耐NRTIs（K65R 和 M184V）和 NNRTIs 突变位点（K103N 和 P225H）。1 名越南籍HIV感染者,检出耐NRTIs（V75M）和PIs（M46I）突变位点。结论1.云南边境地区HIV感染者在确诊前传播HIV风险大云南边境地区HIV感染者在得知自己感染状况之前,多性伴比例较高,全程使用安全套比例低,HIV传播风险大。云南边境地区中国籍感染者安全套全程使用率低,外籍感染者安全套全程使用率更低。2.云南边境地区HIV-1基因型种类多,分布特征复杂2.1云南边境地区中国籍感染者中HIV-1基因型的种类比外籍感染者多,包括流行在云南省中东部地区的CRF08BC和CRF07BC,也有流行于中国东部男男性接触人群的CRF5501B。2.2德宏州边境地区无论是中国籍还是外籍感染者,无论是异性性接触传播途径还是静脉吸毒传播途径,URFs的比例均比较高,与缅甸北部地区较高的URFs占比相似。2.3红河州边境地区的CRF01AE成为首位的基因型,越南籍感染者中CRF01 AE占第一位,中国籍感染者中CRF01 AE虽居第二,但与CRF08 BC的差距不大。这反映了红河州边境地区与邻近的越南,在HIV传播上有融合的趋势。2.4版纳州男男性接触人群的比例较大,CRF08BC的比例高于其他地区该人群的比例,提示该地区男男性接触人群可能相对独立。3.云南边境地区HIV原发性耐药流行率达中度水平3.1德宏州、版纳州和红河州边境地区的耐药株流行率都到达了中度水平（5%～15%）。3.2超过半数携带原发性耐药基因突变位点的感染者对NNRTIs中的EFV和/或NVP高水平耐药。4.需进一步加强云南边境地区HIV防控4.1仅25.5%的HIV感染者在得知自己感染HIV之前的6个月内,性生活中使用安全套,传播HIV及耐药基因突变的风险大,提示需在大众人群中进一步加强艾滋病防治宣传及推广安全套的使用。4.2部分外籍感染者在云南边境地区也存在传播原发性耐药基因风险,需与邻近国家相关部门加强合作,共同管控HIV感染者。4.3在得知自己感染HIV前的6个月里,携带原发性耐药基因的感染者中,17.6%的人有多性伴,47.1%的人得知自己感染HIV前有不使用安全套的性行为。因此,有必要探索原发性耐药的有效筛查途径,对携带耐药基因的HIV感染者/AIDS病人进行个性化管理,积极开展早期抗病毒治疗,进一步加强HIV预防。4.4需警惕初治患者对EFV和NVP高水平原发耐药风险,有条件者在抗病毒治疗前可考虑做耐药检测,用于指导临床用药。

王彦^[6]（2018）在《我国丁型肝炎病毒感染情况调查和病毒分子特性研究》文中研究说明研究背景丁型肝炎病毒（Hepatitis Delta Virus,HDV）是乙型肝炎病毒（Hepatitis B Virus,HBV）的卫星病毒,必须在HBV或其他嗜肝DNA病毒的辅助下才能包装成完整的病毒颗粒。HDV的感染能够引起非常严重的肝脏损伤,加速肝脏的疾病进展,提高肝硬化、肝脏失代偿、肝癌甚至死亡的风险。乙肝疫苗的实施能够有效降低HBV的感染率,减少HBV感染者,从而降低HDV的感染流行,但近几年国际研究显示,HDV的感染率呈现上升趋势,并且在人类免疫缺陷病毒（Human Immunodeficiency Virus,HIV）阳性的HBV感染人群中显着高于单独乙肝表面抗原（Hepatitis B Surface Antigen,HBsAg）阳性的人群。目前,我国HBV处于中度流行,有超过9000万人为HBV慢性感染者,并且部分地区HIV疫情严重,截止2017年11月30日,已报告我国存活的HIV感染者和获得性免疫缺乏综合症（Acquired Immune Deficiency Syndrome,AIDS）患者约 75 万人,调查显示有 6.3%-10.9%的HIV感染者合并HBV感染,HDV感染会加重肝脏损伤。因此,有必要对该部分人群进行HDV的感染情况调查,及时制定合理有效的预防措施控制HDV.的流行。本研究将对我国慢性HBV感染和HIV/HBV合并感染者进行HDV感染情况调查,评估感染相关风险因素,分析HDV、HBV和HIV-1主要流行基因型及其之间可能存在的关系,为我国HDV流行的预防和控制提供数据支持。研究方法基于Taqman探针和实时定量PCR的技术,建立双靶向HDV核酸检测的方法。采用世界卫生组织（World Health Organization,WHO）HDV国际标准品对该方法进行评价。从全国七个省市自治区（北京、内蒙古自治区、新疆维吾尔自治区、广西壮族自治区、云南省、四川省和广东省）的部分医院采集慢性乙肝肝炎患者样本3000人份,其中HIV/HBV合并感染者样本759人份,对感染者的临床信息和人口学信息进行收集。采用HDV抗体和核酸的检测方法,对收集的样本进行HDV筛查,调查我国不同地区和人群中HDV的感染情况。通过卡方检验和Logistic回归分析HDV感染的相关因素,及其对肝脏疾病进展的影响。对HDV核酸检测呈阳性的血清/血浆样品进行HDV全基因组序列的扩增和测序,获得HDV全基因组序列;对采集的样本HBV S区基因片段和HIV pol基因片段进行扩增和测序,分析三种病毒的感染模式以及分子病毒学特征。研究结果一、HDV核酸检测方法的建立本研究建立了双靶向HDV核酸检测的方法,经WHO HDV国际标准品评测,最低检出线为575 IU/ml。本研究建立的HDV核酸检测方法能够用于中国地区HDV流行毒株的检测,与HDV抗体检测方法相结合,可用于中国临床中HDV的筛查和HDV感染者中HDV病毒活动性监测。二、我国七个省市自治区HDV的感染情况调查本研究中七个省市自治区均存在HDV的感染,总体的感染率为2.63%（79/3000）。多因素Logistic回归分析发现,与HDV感染相关的因素为HIV的合并感染和研究地区,HDV的感染率在HIV/HBV合并感染人群中显着高于HIV阴性人群（aOR=9.61,95%CI:5.06-18.27）,相对于北京市研究现场,四川省研究现场的HDV的感染率显着增加（aOR=11.10,95%CI:3.73-33.08）。本研究中,我国不同地区慢性乙型肝炎患者中HDV感染率存在很大的差异,四川研究现场HDV的感染率最高,为13.88%,并且显着高于其他六个研究现场:其次是广西壮族自治区研究现场,HDV的感染率为5.32%,广东省研究现场HDV感染率为2.45%,新疆维吾尔自治区、内蒙古自治区、北京市和云南省四个研究现场HDV感染率较低分别为0.88%,0.50%,0.48%和 0.45%。本研究发现HDV感染者与非HDV感染者之间,肝脏疾病临床指标具有显着差异,在HDV感染人群中,天门冬氨酸氨基转移酶（Aspartate aminotransferase,AST）、丙氨酸氨基转移酶（Alanine aminotransferase,ALT）和总胆红素水平升高的人群比例以及乙型肝炎病毒e抗体（Hepatitis Be antibody,HBeAb）阳性的人群比例显着高于非HDV感染人群。说明HDV的感染对肝脏细胞造成了损伤,同时对乙肝病毒的复制产生了负性影响。经Logistic回归模型分析,发现四川省研究现场HDV感染的相关因素除HIV的感染外,还包括性别因素,HDV感染率在男性人群中高于女性。在广西壮族自治区研究现场,与非静脉吸毒者相比,HDV感染率在静脉吸毒者中显着增加（aOR=31.83,95%CI:4.71-215.09）。在HIV/HBV合并感染者人群中,相对于新疆研究现场,四川研究现场的HDV感染率显着增加（aOR=20.67,95%CI:2.56-166.70）,且四川研究现场HDV感染率显着高于其他研究现场;在非HIV感染的慢性乙型肝炎患者中,相对于新疆研究现场,广西研究现场的HDV感染率显着增加（aOR=16.74,95%CI:2.50-112.01）。但与广东省和四川省研究现场差异不显着。三、我国七个省市自治区慢性乙型肝炎患者中,HDV、HBV和HIV-1分子病毒学特征本研究共获得HDV全基因组序列20条,经系统进化树分析,发现中国HDV流行毒株的基因型包括HDV-1型和HDV-2a型,其中,在HDV感染率最高的四川地区,HDV的主要流行基因型为HDV-2a型。本研究共获得HIV-1 pol基因序列236条,HIV-1的主要流行亚型为CRF07BC,CRF01AE 和 B’,其次是 CRF08BC,CRF6701B,CRF57BC,CRF65cpx,CRF68-01B。另外,在北京和四川研究现场出现了新的重组型。北京研究现场HIV-1的主要流行亚型为CRFO1AE（51.61%）,CRF07BC（31.18%）和 B’（10.75%）;四川研究现场 HIV-1 的主要流行亚型为CRF07BC（92.5%）和CRF01AE（3.75%）;广东省研究现场HIV-1的主要流行亚型为 CRF07BC（46%）,CRF01AE（22%）和 CRF5501B（16%）。本研究共获得790条HBVS区序列,构建系统进化树分析,HBV的基因型为HBV-C型（52.03%）,HBV-B 型（28.86%）,HBV-D 型（18.10%）,和 HBV-I 型（0.25%）以及6例新的重组基因型。在各研究现场之间HBV基因型分布存在显着性差异。北京、云南省和内蒙古自治区研究现场的HBV基因型以C型为主,广东省和广西壮族自治区研究现场以HBV-B型为主,新疆维吾尔自治区研究现场以HBV-D型为主（约占84.11%）,四川省研究现场HBV-B型和HBV-C型均为主要的流行基因型,另外还存在两例HBV-Ⅰ型。本研究中HDV感染者的HBV基因型以HBV-B型和HBV-C型为主,HDV/HBV/HIV合并感染者中,HIV的基因型为CRF07BC,但HBV基因型和HIV基因型在HDV感染者中的分布与HDV阴性人群没有明显差异,均属于当地主要的流行基因型。结论本研究建立了 HDV核酸的检测方法,经WHO国际标准品评价后,最低检测线为575 IU/ml。近几年,首次对全国七个地区进行较大规模的慢性乙型肝炎患者以及HIV/HBV合并感染者中HDV感染情况调查,发现HDV在我国整体为低流行趋势,但是四川省研究现场的HIV感染者和广西壮族自治区的静脉吸毒者为HDV感染的高危人群。本研究也发现HDV的感染可能会对肝脏细胞产生损伤,加重疾病的进展。因此,有必要对我国慢性HBV感染者中的疑似HDV感染进行HDV的筛查,及时指导临床用药。对于我国四川研究现场（凉山彝族自治州）和广西壮族自治区研究现场需要提高HBV疫苗的覆盖率,特别是HIV阳性的人群和静脉吸毒人群,降低HBV的感染率,提高HDV的预防和控制。本研究为中国大陆地区对HDV流行的预防和控制提供了一定的数据支持。

李泽^[7]（2017）在《大理地区吸毒人群HIV、HCV感染状况及HCV基因型分布特征调查》文中研究指明研究目的以云南省大理州戒毒所吸毒哨点监测的吸毒人群为研究对象,了解此人群HIV、HCV感染状况;评估该人群与HIV、HCV感染相关的高危因素及HCV感染的基因型分布及分子流行病学特征,可以为今后更大范围内更有效地推广和完善哨点监测工作提供科学依据,以帮助有关部门制定更加合理地预防控制策略。研究方法1、按照《云南省艾滋病哨点监测方案（2015年版）》要求,在2015年1月1日2015年6月30日监测期内,对大理州强制戒毒所新入所的423名吸毒者（包括口吸和注射吸毒者）,采集静脉血35ml,检测HIV和HCV的感染情况。2、采用病毒RNA核酸提取试剂盒,提取196份HCV抗体阳性血样的RNA,逆转录PCR法扩增HCV NS5B区段基因系列,PCR产物纯化后进行测序,运用Clustal X1.83及MEGA5.0软件,对所有样本核酸测序系列与基因库中HCV亚型的参考序列进行比对;构建系统发育树;确定该人群的基因分型。3、结合问卷调查资料,运用统计学方法分析与HIV、HCV感染相关的危险因素及不同性别、年龄、是否合并HIV感染和不同地区报道的HCV感染的基因型分布关系。结果1、在423名吸毒人员中HIV感染率为19.4%（82/423）,HCV感染率为46.3%（196/423）,在82例HIV感染者中,有96.3%（79/82）感染了HCV。多因素分析结果表明,注射吸毒年限、有注射吸毒史、共用针具不仅是HIV感染的高危因素,也是HCV感染的高危因素;此外,HCV感染还与年龄、每天注射吸毒次数正相关。2、196份HCV抗体阳性样本经过扩增和测序,成功获得NS5B区段系列90条。大理地区90名吸毒者中,共发现3种HCV主要基因型:1型,3型和6型,其中以3型为主,占总数的46.67%（42/90）,其次为6型,占35.56%（32/90）,1型的比例最少,占17.77%（16/90）。在3种主要基因型中存在7个基因亚型,其中3b是主要的基因亚型,占28.89%（26/90）,其他亚型依次为6n（23.65%,21/90）,3a（17.78%,16/90）,1b（10.00%,9/90）,6u（8.89%,8/90）,1a（7.78,7/90）6a（3.33%,3/90）。3、大理地区吸毒人群HCV基因亚型的分布在年龄组间具有差异性（χ=14.230,P<0.05）,<35岁组年轻吸毒者1b和6u亚型的比例较高;且1b和6u亚型NS5B区基因平均距离最短,1b和6u亚型在<35岁组年轻吸毒者中流行传播的时间较短,该人群更容易被感染。而3a,3b和6n亚型的NS5B区基因平均距离较大,三类基因亚型在大理地区≥35岁组吸毒者中流行的时间较长,是该人群的传统毒株。4、大理地区吸毒人群HCV基因亚型的分布与其他地区相比具有差异性（P<0.05）,受地理区域影响,该人群HCV基因分布与滇西南的德宏地区相近,以3b亚型为主,6n亚型次之,1a和6u亚型占有一定比例,6a亚型比例很少;不同于滇中东的昆明及红河地区,以3b亚型为主,3a亚型次之,1b和6a亚型占有一定比例。结论1、大理地区吸毒人群HIV感染率为19.4%,HCV感染率为46.3%,其中HIV感染阳性人群（82例）)中并HCV感染率高（96.3%,79/82）,其机制有待研究。2、有注射吸毒史、注射吸毒年限、共用针具是HIV和HCV感染的高危因素。3、大理地区吸毒人群中共发现3种HCV主要基因型:1型,3型和6型,其中以3型为主（46.67）%,其次为6型（35.56%）,1型的比例最少（17.77%）。在3种主要基因型中存在7个基因亚型,其中3b是主要的基因亚型（28.89%）,其他亚型依次为6n（23.65%）,3a（17.78%）,1b（10.00%）,6u（8.89%）,1a（7.78%）和6a（3.33%）,呈现一定的地理分布特征。

张玉,高瞻,杨亚闪,何苗^[8]（2017）在《中国5个地区献血人群HCV基因型分布及进化分析》文中指出目的了解国内不同地区献血人群中HCV基因型、亚型分布及系统发育情况以及不同地区人群中HCV流行病毒株。方法收集来自重庆、新疆乌鲁木齐、河南洛阳、四川绵阳和广西柳州5地无偿献血人群的抗-HCV阳性血浆标本802（人）份,采用逆转录巢式PCR对其HCV core基因片段扩增并测序;应用MEGA 6.0软件构建HCV分子进化树并对其做基因分型,用Arlequin和DNAsp软件对不同地区不同HCV基因型做群体动力学研究。采用SPSSStatistics17.0软来分析HCV基因亚型和人口统计学特征的相关性。结果 5个地区献血者抗-HCV阳性血浆标本获得HCV core基因片段成功扩增的比例为52.24%（419/892）,其中重庆为47.37%（116/247）、乌鲁木齐为54.17%（104/192）、绵阳为64.35%（74/115）、洛阳为38.95%（67/172）、柳州为76.32%（58/76）;所有阳性PCR产物经双向测序后均获得核苷酸序列,共检测出8个HCV基因亚型:HCV-1a 0.72%（3/419）、1b 59.90%（251/419）,2a 16.95%（71/419）,3a 4.53%（19/419）、3b 3.82%（16/419）,6a 12.41%（52/419）、6e 0.95%（4/419）、6n 0.72%（3/419）,未检测到HCV-4和5型。5地献血人群中比例较高的2种HCV基因亚型:重庆为1b 46.55%（54/116）、6a18.97%（22/52）,乌鲁木齐为1b 67.62%（71/104）、2a 21.90%（22/104）、洛阳为1b 64.18%（43/67）、2a 29.85%（20/67）,绵阳为1b 80.00%（60/75）、2a 10.67%（8/75）,柳州为1b 41.38%（24/58）、6a 36.21%（21/58）。HCV基因亚型和年龄、民族之间有明显的差异（P<0.05）。结论本组我国5个地区献血人群HCV基因亚型丰度较高,以1b为主,2a次之,其余呈散在分布或未检出;不同地区人群的优势基因型均以1b比例为最高,其次分别是2a或6a。HCV基因亚型和年龄、民族存在相关性。

张玉^[9]（2017）在《中国五个地区献血人群HCV基因型/亚型分布及进化分析》文中研究表明目的研究国内五个地区血液中心献血人群中HCV基因型/亚型分布及不同基因型HCV的群体遗传学特征。方法收集来自重庆、乌鲁木齐、洛阳、绵阳和广西无偿献血人群的抗-HCV确证实验阳性的血浆标本802（人）份,并统计出献血人群的性别、年龄、民族和职业等人口统计学信息;采用逆转录巢式PCR对HCV core基因片段扩增并测序:应用MEGA 6.0软件构建HCV分子进化树并对其做基因分型和系统发育分析,用Arlequin、DNAsp和BEAST软件进行群体遗传学分析,探讨该地区不同基因型HCV的扩张情况。采用SPSS Statistics 17.0软件来分析HCV基因亚型的分布和人口统计学特征的相关性。结果重庆（116）、乌鲁木齐（104）、绵阳（74）、洛阳（67）和广西（58）五个地区血浆标本中获得阳性扩增的共为419例。共检测出HCV-1a、1b、2a、3a、3b、6a、6e和6n等8个基因亚型,未发现4,5型的存在,且各亚型所占比例分别为 0.72%（3/419）、59.90%（251/419）、16.95%（71/419）、4.53%（19/419）、3.82%（16/419）、12.41%（52/419）、0.95%（4/419）和 0.72%（3/419）。绵阳、乌鲁木齐和洛阳地区献血人群中比例较高的基因型为1b和2a,而重庆和广西地区为1b和6a。HCV 1b和6a的Tajima’s D值和Fu’s Fs值均为负且P值均小于0.05,提示相应的HCV群体正在经历扩张。HCV基因亚型的分布和年龄、民族之间有明显的统计学意义（P<0.05）,而与性别、职业、教育水平、婚姻状态无统计学意义。结论我国献血人群HCV基因亚型丰度较高,主要以1b为主,其次为2a,也有6a,3a,3b,6e,6n及1a的散在分布。绵阳、乌鲁木齐和洛阳地区献血人群的优势基因型为1b和2a,而重庆和广西地区为1b和6a。HCV 6a亚型有显着扩张的趋势,1b、3a和3b都有不同程度扩张。HCV基因亚型的分布和年龄、民族存在统计学相关性。

吴涛^[10]（2017）在《海南省HCV分子分型、分子进化及黎族HCV基因型6特殊病毒株的全基因组研究》文中研究说明背景:目前,全球有近1.8亿人感染丙型肝炎病毒（hepatitis C virus,HCV）,而在中国约1000万为抗-HCV阳性。HCV至今尚缺有效的疫苗。依据Simmond系统,HCV可分为7个基因型和85个确定的以及20个待定的基因亚型。对HCV基因型分布及分子流行病学的研究,有助于控制HCV的播散。最新研究表明,中国HCV基因型以1b为主,占56.8%（582/997）;其次为2型、3型和6型。但是,中国的南北地区HCV基因型组成和播散趋势不尽一致。与北方不同,6a在华南地区已经取代2a成为当地的第二个主要流行的HCV基因亚型,并曾在广东河源发生快速流行。海南岛毗邻广东省,主要居民为汉族（83.33%）,其次是黎族（14.73%）。至今对海南岛的HCV分子流行病学研究较少。此外,海南黎族族源研究显示,其与南岛语系的多个族群有明显遗传渊源关系,其被称为“人类进入东亚入口的古老活化石”。至今HCV基因型6的各个亚型主要发现在东南亚地区流行。HCV基因型6因其遗传差异最大,亚型最复杂,已被视为HCV的最古老的病毒株,目前仍不断地发现新的HCV基因型6特殊病毒株——指不能归入已知的亚型的病毒株。HCV基因型6特殊病毒株由于病毒载量低、遗传差异大和缺乏参照序列,因此对该类病毒进行全长扩增是世界难题。前期研究发现部分来源于海南黎族的HCV基因型6病毒起源古老且独特。因此,对海南黎族的HCV基因型6特殊病毒株进行全长扩增,研究海南黎族的HCV基因型6与东南亚其他地区该型病毒的进化关系,将有助于补充该型病毒的生活史研究。目的:1.本研究首先通过研究海南省汉族和黎族人群中的HCV基因型分布和临床特点、高危因素来了解海南省HCV的感染概况。2.应用系统发育树分析（phylogenetic anlynasis）来了解海南汉族地区HCV的来源、传播模式和规律。3.从黎族中的HCV基因型6特殊病毒株中,对两株未知的病毒株HN1316和HN1350进行了全基因组扩增和测定。进一步分析黎族“HCV基因型6特殊病毒株”与东南亚地区的HCV基因型6毒株的进化关系。方法:1.样品来源:纳入2013.1～2014.6间收集的HCV-RNA阳性慢性HCV感染者血清标本246例（其中汉族176例,黎族70例）。基因的扩增和测序:巢式PCR扩增并测序Core-E1。数据分析:应用系统发育树分析海南汉族和黎族人群中HCV基因型的分布特点。2.应用BEAST 1.6软件和贝叶斯—马尔科夫链—蒙特卡洛（Bayesian—MCMC）方法对海南汉族与中国其他地区汉族的HCV序列进行种系地理学分析。最后,扩大海南汉族的慢性HCV感染者的病例数至402例,检测其基因分型,系统分析这些患者的流行病学特点和临床特点,Logistic回归分析海南地区HCV感染的高危因素。3.设计简并引物及特异性引物,通过“DNA walking on bridges and islands”策略进行多片段PCR扩增并测定两株未知的黎族病毒株——HN1316和HN1350的全基因组序列。继而采用生物信息学软件,进行核苷酸相似性分析,构建ML（Maximun Likelihood）系统进化树以估算它们的系统进化位置,进行基因重组测定分析,来确定新的基因亚型。结果:1.海南省汉族人群的HCV流行概况:（1）海南省汉族的163例样本基因型分布为:6a是最主要的亚型,其次是1b、3b、3a、2a和 1a:6a为 33.7%（55/163）,1b为 33.1%（54/163）,3b为 14.7%（24/163）,2a 为 6.7%（11/163）,3a 为 8.6%（14/163）和 1a 为 3%（5/163）。（2）种系地理学分析发现:海南的HCV与中国其它地区汉族的HCV交替分布于每一簇中。进而,扩大至402例后的检测基因型分布、流行病学特点和临床特点如下:（3）6a仍是最主要的亚型,其次是1b、3b、3a、2a和1a。（4）Logistic分析表明:海南HCV传播的高危因素分别是使用过污染的医疗器械（P<0.05）、使用血制品（P<0.05）和静脉吸毒（P<0.01）;卡方检验显示6a亚型中静脉吸毒明显高于其他亚型（P<0.01）。2.海南省黎族58例的基因型分布为:基因型6为94.8%（55/58）,1b为1.72%（1/58）、2a 为 1.72%（1/58）、3b 为 1.72%（1/58）。进一步对 55 例HCV 基因型 6 分析发现:6a 为 3.5%（2/58）,6xa 为 3.5%（2/58）,6w 为 5.2%（3/58）,6e 为 1.7%（1/58）,6v 为 1.7%（1/58）,6r 为 1.7%（1/58）,特殊病毒株为77.6%（45/58）。系统发育树分析显示这45株病毒明显有别于东南亚其他地区的病毒株而集聚为独立的进化簇。3.成功对HN1316和HN1350成功进行全基因组扩增。分析发现:两个病毒株与其他已知的6型全长序列的基因相似性在70～80%;接着构建ML系统进化树发现,HN1350与印度尼西亚、香港地区发现的6g、6w有着共同的祖先,HN1316与6a、6b、6xd和6ZS202、老挝地区发现的6L373有着共同祖先。进一步分析发现无明显流行病学关联的三个病毒株:HN1350（全长）、HN1314和HN1411三个序列之间基因差异在7.6～14%。结论:1.6a是海南汉族中最主要的感染基因型,其次为1b,提示6a在我国可能已经开始从广东地区快速传播开来。海南岛虽然与大陆隔海相望,但是海南省汉族人群同属于中国大陆汉族的HCV传播网络。2.海南黎族人群的HCV以基因6型为主,并发现多株基因6型的特殊病毒株且高度聚集,提示HCV基因型6病毒可能在黎族地区封闭地缓慢传播了非常长的时期。3.首次在黎族中发现一个HCV基因型6的新亚型。基因相似性结果显示HN1316和HN1350属于HCV基因型6,但不能归于已知亚型;这两个病毒株与东南亚周边地区来源的病毒有共同祖先,提示海南黎族可能是HCV基因型6起源的一部分;本研究中有三株病毒满足新基因亚型命题条件,可以命名一个HCV基因型6新亚型（6xg?）,联系HCV命名委员确认新命名的工作在进行中。

二、静脉吸毒者SEN病毒基因型检测和序列测定（论文开题报告）

（1）论文研究背景及目的

此处内容要求：

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例：

本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。

（2）本文研究方法

调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

三、静脉吸毒者SEN病毒基因型检测和序列测定（论文提纲范文）

（1）云南省临沧市抗病毒失败的HIV/AIDS患者基因型耐药突变研究（论文提纲范文）

（2）云南红河州高危人群HIV及其共感染的HCV/HPgV-2病毒的分子流行病学研究（论文提纲范文）

（3）湖南省吸毒患者感染丙型肝炎病毒基因型特征分析（论文提纲范文）

（4）2017年陇川县新报告HIV-1阳性人群HIV基因亚型分布及耐药性研究（论文提纲范文）

（5）云南边境地区HIV-1亚型与原发性耐药基因突变分析（论文提纲范文）

（6）我国丁型肝炎病毒感染情况调查和病毒分子特性研究（论文提纲范文）

（7）大理地区吸毒人群HIV、HCV感染状况及HCV基因型分布特征调查（论文提纲范文）

（8）中国5个地区献血人群HCV基因型分布及进化分析（论文提纲范文）

（9）中国五个地区献血人群HCV基因型/亚型分布及进化分析（论文提纲范文）

（10）海南省HCV分子分型、分子进化及黎族HCV基因型6特殊病毒株的全基因组研究（论文提纲范文）

四、静脉吸毒者SEN病毒基因型检测和序列测定（论文参考文献）

• [1]云南省临沧市抗病毒失败的HIV/AIDS患者基因型耐药突变研究[D]. 邓雪媚. 大理大学, 2019(01)
• [2]云南红河州高危人群HIV及其共感染的HCV/HPgV-2病毒的分子流行病学研究[D]. 李天一. 军事科学院, 2019(09)
• [3]湖南省吸毒患者感染丙型肝炎病毒基因型特征分析[D]. 戴俊斌. 南华大学, 2019(01)
• [4]2017年陇川县新报告HIV-1阳性人群HIV基因亚型分布及耐药性研究[D]. 李四乐. 昆明医科大学, 2019(06)
• [5]云南边境地区HIV-1亚型与原发性耐药基因突变分析[D]. 韦焘. 昆明医科大学, 2018(05)
• [6]我国丁型肝炎病毒感染情况调查和病毒分子特性研究[D]. 王彦. 中国疾病预防控制中心, 2018(01)
• [7]大理地区吸毒人群HIV、HCV感染状况及HCV基因型分布特征调查[D]. 李泽. 大理大学, 2017(02)
• [8]中国5个地区献血人群HCV基因型分布及进化分析[J]. 张玉,高瞻,杨亚闪,何苗. 中国输血杂志, 2017(05)
• [9]中国五个地区献血人群HCV基因型/亚型分布及进化分析[D]. 张玉. 北京协和医学院, 2017(02)
• [10]海南省HCV分子分型、分子进化及黎族HCV基因型6特殊病毒株的全基因组研究[D]. 吴涛. 南方医科大学, 2017(11)

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